Promue par le banquier Luis de la Serna comme tombeau familial à la fin du XV siècle, date de la grande chapelle, nous trouvons des chronologies diverses dans le bâtiment. La partie haute, couverte de voûtes en étoile fut achevée en 1500 par l’architecte Juan de Arandia. La nef, fruit d’une reconstruction postérieure, de grande largeur, avait un plafond en bois porté par des arcs séparés. En 1615, des voûtes baroques avec des plâtreries sont construites selon les plans de Francisco Praves.

La tour, structurée en hauteur, en cinq corps et sur une base quadrangulaire est d’inspiration hispano-flamande. Elle fut construite à partir de 1504 par Juan de Arandia et García Olave, bien qu’elle ait été modifiée durant les siècles suivants : le corps des cloches fut modifié pour agrandir les fenêtres et finir en un clocher du XVII siècle.

À ne pas manquer, le lambrissage intérieur sous le chœur, décoré de caissons sous forme de coquilles dorées mais aussi les sépultures des patrons et le retable de l’Adoración de los Reyes, d’Alonso Berruguete, en 1537.