Promovida por el banquero Luis de la Serna como enterramiento familiar a finales del siglo XV, en que está fechada la capilla mayor, en el edificio encontramos cronologías diversas. La cabecera, cubierta con bóvedas estrelladas, fue acabada en 1500 por el arquitecto Juan de Arandia. La nave, fruto de posterior reconstrucción, es de gran anchura, tenía cubierta de madera y estaba sustentada por arcos diafragma. En 1615 se construyen bóvedas barrocas con yeserías, según planes de Francisco de Praves.

La torre se estructura en altura en cinco cuerpos, es de inspiración hispano-flamenca y base cuadrangular, fue levantada a partir de 1504 por Juan de Arandia y García Olave, aunque ha sido reformada en centurias posteriores: el cuerpo de campanas se modificó para ampliar las ventanas y se remata en un chapitel del siglo XVII.

Destaca el artesonado interior bajo el coro, decorado con casetones en forma de conchas doradas, las sepulturas de los patronos y el retablo de la Adoración de los Reyes, de Alonso Berruguete en 1537.