Fruit de divers monuments et de transformations architectoniques, elle a son origine dans un ancien ermitage de Santa Elena, de 1254, bien que la partie la plus ancienne conservée date du XV siècle. Il s’agit de la chapelle funéraire de San Juan Bautista, construite par Gonzalo González de Illescas, membre du Conseil des Rois Catholiques, qui conserve l’entrée à une série de cryptes et un ossuaire.

Tant l’organisation générale de la nef et de la partie haute que la façade plateresque, de Juan Sanz de Escalante datent du XVI siècle. En 1710, fut construite la chapelle de San Pedro Regalado, patron de la ville, où il fut baptisé et qui est agrandie en 1727.

La tour subit des travaux en 1606 dont Bartolomé de la Calzada est responsable et est reconstruite en 1720. De son intérieur, soulignons le retable principal, de la moitié du XVIII siècle, et le triptyque flamand de peinture et sculpture, dédié à Saint Jean, qui est l’œuvre du maître Morrison, disciple de Quentin Metsys.

Selon la légende, San Pedro Regalado fut baptisé dans ses fonts baptismaux.