En 1282, la reine María de Molina donne son palais et les terrains pour fonder un nouveau bâtiment sous le patronage cistercien de Sainte Marie la Real de las Huelgas, imitant Léonor de Plantagenêt, épouse d´ Alphonse VIII, qui avait parrainé la fondation du Monastère royal de las Huelgas de Burgos.

L´église se reconstruit entre 1579-1599 par Juan del Ribero, Juan de Nates et Mateo Elorriaga, en forme de croix latine et des chapelles entre les contreforts, mais on conserve des aspects antérieurs, par exemple un arc mudéjar du début du XIV siècle de l´Alcazar de Tolède, avec une entrée en forme de coude, le seul qui existe dans la ville, et un bastion du XV siècle. Le cloître de 1622 de Francisco de Praves.

À l´intérieur se trouve le tombeau en albâtre de María de Molina (XVI siècle) et le retable en relief et les sculptures de Gregorio Fernández, un Crucifix de Juan de Juni et quatre toiles de Tomás de Prado.