En 1566, Pedro de la Gasca, vice-roi du Pérou et évêque de Palencia et Sigüenza, la rebâtie comme panthéon. L´église fut conçue par Rodrigo Gil de Hontañón et construite par Francisco del Río. Dans la seule nef spacieuse avec un chevet sous les voûtes quadripartites, se trouvent le retable d'Esteban Jordán, ainsi que le tombeau de l´Évêque Fondateur en albâtre. Il ne faut pas oublier la chapelle du docteur Corral, magistrat royal de la Chancellerie et membre du Conseil Royal, qui a un retable de Francisco Giralte.

Sur la façade principale de la Renaissance avec sa tour nous pourrons apprécier l´image de Marie Madeleine et l'emblème de son promoteur.