Elle a été construite par les jésuites entre 1579-91, sous la protection des Comtes de Fuensaldaña, dont les blasons figurent dans plusieurs endroits du temple. Avant son vocable actuel, elle fut dédiée à San Antonio de Padua et à San Ignacio de Loyola, fondateur de l’Ordre.

Sa façade suit le modèle classique de Vignola. L’ensemble, attribué à Juan de Nates, s’articule autour d’une seule et spacieuse nef. La façade principale présente une image gothique de San Miguel, les blasons des Comtes de Fuensaldaña qui y sont enterrés et le blason royal de Carlos III.

Elle conserve une importante collection de sculptures, retables et peintures d’artistes tels que Gregorio Fernández, Pedro de Sierra ou Gil de Mena.