Fruto de diversos momentos y transformaciones arquitectónicas, tiene su origen en la antigua ermita de Santa Elena de 1254, aunque lo más antiguo conservado data del siglo XV. Se trata de la capilla funeraria de San Juan Bautista, construida por don Gonzalo González de Illescas, miembro del Consejo de los Reyes Católicos, que mantiene la entrada a una serie de criptas y un osario.

Tanto la organización general de la nave y cabecera como la portada plateresca, de Juan Sanz de Escalante, son fechadas a lo largo del siglo XVI. En 1710 se construyó la capilla de San Pedro Regalado, patrón de la ciudad, que fue aquí bautizado, ampliándose en 1727.

La torre sufre reformas en 1606 a cargo de Bartolomé de la Calzada y es reconstruida en 1720. En el interior destacan el retablo mayor, de mediados del siglo XVIII, y el tríptico flamenco de pintura y escultura, dedicado a San Juan, obra del maestro Morrison, seguidor de Quentin Metsys.

Según la tradición, San Pedro Regalado fue bautizado en su pila bautismal.