Edificada por los jesuitas entre 1579-91, bajo el patronato de los Condes de Fuensaldaña, cuyos escudos figuran en varias partes del templo. Antes de su actual advocación estuvo dedicada a San Antonio de Padua y a San Ignacio de Loyola, fundador de la Orden.

Su fachada sigue el modelo clasicista de Vignola. El conjunto, atribuido a Juan de Nates, se articula en torno a una sola y espaciosa nave. La fachada principal muestra una imagen gótica de San Miguel, los escudos de los Condes de Fuensaldaña aquí enterrados y el real de Carlos III.

Guarda una notable colección de tallas, retablos y pinturas de artistas como Gregorio Fernández, Pedro de Sierra o Gil de Mena.